Siendo Gobernador Constitucional del Estado de Nayarit el Dr. Julián Gascón Mercado (1963-1969), mediante la promulgación del Decreto 5,162 del día 19 de Agosto de 1969 funda la Universidad de Nayarit, designando al Dr. Ignacio Cuesta Barrios (1967-1969) como su Primer Rector; iniciando su funcionamiento con 4 Escuelas de Nivel Superior (Derecho, Agricultura, Comercio y Administración, Odontología), así como la de Enfermería de Nivel Medio Terminal y 6 Escuelas Preparatorias en Tepic, Santiago Ixcuintla, Acaponeta, Tecuala e Ixtlán del Río.
Para 1970, siendo Gobernador del Estado el Lic. Roberto Gómez Reyes y Rector de la Universidad el Lic. Alfredo Corona Ibarra (1970-1971), se establecen las Escuelas de Economía, Turismo y Oceanografía; siendo ésta el origen de la actual Facultad de Ingeniería Pesquera.
La Escuela de Oceanografía se estableció originalmente en el edificio que actualmente ocupa la Escuela de Turismo en la Ciudad de la cultura "Amado Nervo" en Tepic Nayarit, iniciando con 58 estudiantes los Planes y Programas de Estudios a cursar en 10 Semestres y siendo su primeros profesores: Ing. Mario Luna Vázquez, Ing. Salvador Esquivel Reyes, Ing. Benjamín Cortina, Ing. Jesús Hernández Campos, Ing. Armando Alvarado, Ing. Jorge Alegría González, Ing. Alfonso Llanes, Ing. Leonardo Ocampo, Dr. Benjamín Navarro Ponce, e Ing. Ricardo Vidal Manzo, como Director y Maestro de la misma.
Dos años después de haber sido creada la Escuela de Oceanografía y siendo Presidente de la República el Lic. Luís Echeverría Álvarez, Secretario de Educación Pública el Ing. Víctor Bravo Aguja, Rector de la Universidad el Dr. Joaquín Cánovas Pouchades (1971-1973) y Director de la propia Escuela el Ing. Ricardo Vidal Manzo, se propuso modificar los Planes y Programas de Estudios para crear la Primera Escuela de Ingeniería Pesquera a Nivel Nacional y Segunda en Latinoamérica.
De ésta manera es como se convierte la Escuela de Oceanografía en Escuela Superior de Ingeniería Pesquera, con Planes y Programas de Estudios para la Carrera de Ingeniero Pesquero de 8 Semestres, cabe aclarar que ninguna generación egreso como oceanólogos, y de ésta manera el día 19 de Noviembre de 1974 se traslada a sus actuales instalaciones ubicadas en la Bahía de Matanchén, Municipio de San Blas Nayarit.
En 1993, se modifican los Planes y Programas de Estudios de la Carrera de Ingeniero Pesquero y con la aprobación del Consejo Técnico de la Escuela (27 de Enero de 1993) y del Consejo General Universitario (31 de Marzo de 1993) se crean 3 Licenciaturas: Ingeniero Pesquero en Tecnología de Capturas, Ingeniero Pesquero en Recurso Acuáticos, e Ingeniero Pesquero en Administración de Empresas Pesqueras; sus Programas y Planes de Estudios fueron aprobados y registrados por la Secretaria de Educación Publica y la Dirección General de Profesiones el día 04 de Abril de 1994 según Oficio DIEN/385/94 y Expediente 18-00010.
El Programa académico mas reciente fue la creación del Posgrado "Maestría en Ingeniería Pesquera" aprobado por el Consejo Técnico de la Escuela de Ingeniería Pesquera el día 29 de Noviembre de 1995 y después por el Consejo General Universitario el 13 de Diciembre de 1995, con lo que la entonces Escuela Superior de Ingeniería Pesquera eleva su rango a la actual Facultad de Ingeniería Pesquera, sus Programas y Planes de Estudios fueron aprobados y registrados por la Secretaria de Educación Publica y la Dirección General de Profesiones el día 30 de Septiembre de 1997 según Oficio DIEN/414/97 y Expediente 18-00010.